پیشینه مرکز فناوری اطلاعات و ارتباطات به دو وزارتخانه سابق کشاورزی و جهاد سازندگی بازمی‌گردد. در سال ۱۳۵۳ دفتر خدمات ماشینی زیر نظر معاونت طرح و برنامه وزارت کشاورزی فعالیت خود را آغاز کرد و در سال ۱۳۵۹ با هدف مدیریت اطلاعات در بخش کشاورزی به اداره کل آمار و اطلاعات تغییر نام یافت. ساختار این اداره شامل واحدهای آمار، کامپیوتر، سنجش از دور، اطلاع‌رسانی و اداری و مالی بود.

در سال ۱۳۵۸ نهاد جهاد سازندگی با فرمان حضرت امام خمینی (ره) و با هدف توسعه و آبادانی روستاهای کشور تشکیل شد و در سال ۱۳۶۲ به وزارت جهاد سازندگی تغییر نام داد. سپس در سال ۱۳۷۳ دفتر آمار و اطلاعات زیر نظر معاونت طرح و برنامه‌ریزی این وزارتخانه ایجاد شد که شامل اداره خدمات رایانه‌ای، اداره پردازش اطلاعات و اداره طراحی و تولید آمار بود.

در راستای اجرای برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران و با هدف اصلاح ساختار اداری، افزایش بهره‌وری، حذف موازی‌کاری‌ها و تجمیع امور مرتبط با بخش کشاورزی، لایحه ادغام وزارتخانه‌های کشاورزی و جهاد سازندگی تدوین شد.

سرانجام در دی‌ماه ۱۳۷۹ و هم‌زمان با تشکیل وزارت جهاد کشاورزی، دفتر آمار و اطلاعات وزارت جهاد سازندگی با اداره کل آمار و اطلاعات وزارت کشاورزی ادغام و دفتر آمار و فناوری اطلاعات وزارت جهاد کشاورزی تشکیل شد. این مجموعه در سال ۱۳۹۱ به مرکز فناوری اطلاعات و ارتباطات تغییر نام یافت و فعالیت خود را زیر نظر معاونت برنامه‌ریزی و اقتصادی ادامه داد.